Parafia została erygowana 20 stycznia 1969 r. przez biskupa Stefana Barełę, a teren wydzielono z parafii św. Jakuba i częściowo św. Kazimierza. Obejmowała wybudowane już wówczas osiedle Tysiąclecia, osiedle PCK i budujące się osiedle Północ. Pierwszym administratorem i proboszczem parafii został mianowany ks. Józef Słomian - w latach następnych budowniczy kościoła i plebanii.

Nowa placówka rozpoczęła swą działalność - wobec braku innych możliwości - poza swoim terenem: na plebanii parafii św. Jakuba przy ul. Kilińskiego 8. Ks. Tadeusz Ojrzyński, ówczesny proboszcz parafii, udostępnił młodej wspólnocie kaplicę i mieszkania dla duszpasterzy. W następnym roku ks. Józef Słomian nabył dla swej parafii pół domu przy ul. Chłopickiego 36 (dziś na północny wschód od skrzyżowania Alei Jana Pawła II, z Aleją Armii Krajowej) i tam miała odbywać się katechizacja dzieci i młodzieży. Wkrótce jednak przyszedł nakaz opuszczenia domu w związku z zamiarem wyburzenia go. Efektem - trwającego 21 dni i nocy – czynnego i solidarnego oporu wiernych i księży - a zwłaszcza mieszkającego w tym domu ówczesnego wikariusza, ks. Kazimierza Mielczarka, a także wikariusza, ks. Janusza Struskiego, - było przyznanie parafii nowego punktu, tym razem przy ul. Zajączka 13 z dwiema, a następnie trzema izbami, przeznaczonymi na katechizację, które także służyły sprawowaniu liturgii niedzielnej, jeśli nie można jej było odprawiać z powodu złej pogody na zewnątrz.

Po wielu staraniach biskupa Stefana Bareły, Kurii i Proboszcza, w które włączył się także na ostatnim etapie arcybiskup Luigi Poggi, nuncjusz apostolski do specjalnych poruczeń, 6 października 1976 r. władze wyraziły zgodę na budowę kościoła, przydzielając lokalizację na terenie parafii św. Kazimierza przy ul. Brzeźnickiej. Wobec braku alternatywy propozycja została przyjęta. Budowę kościoła i plebanii - według projektu mgr inż. arch. Antoniego Mazura - rozpoczął Ks. Józef Słomian w roku 1978. Budowa mimo wielkich trudności związanych z nabyciem materiałów budowlanych i brakiem możliwości korzystania ze sprzętu mechanicznego, postępowała naprzód. 20 października 1985 roku odbyła się uroczystość poświęcenia i konsekracji kościoła przez biskupa Stanisława Nowaka, arcybiskupa Luigi Poggi i biskupa Franciszka Musiela. W 1991 r. kościół otrzymał wykonaną w marmurze i złoconym metalu chrzcielnicę. W roku 1993 oddano do użytku 47. głosowe organy, które poświęcił arcybiskup Stanisław Nowak 26 września tegoż roku.

Dziś kościół jest w pełni urządzony i umeblowany. Powierzchnia użytkowa górnego kościoła liczy 1200 m2, dolnego 700 m2. Na wieży umieszczono trzy dzwony. Pod estakadą przygotowano dużą dwuczęściową kaplicę przedpogrzebową dostępną dla zmarłych z całego miasta.

W roku 1994 przed kościołem wzniesiono dwie figury: św. Józefa i św. Wojciecha BM. Figury o wysokości 3 m odlano w brązie według projektu prof. dr Zbigniewa Piłkowskiego (PCz.). 23 kwietnia 1997 r. (rok tysiąclecia męczeńskiej śmierci św. Wojciecha) w czasie uroczystej procesji, której przewodniczyli arcybiskup Stanisław Nowak i arcybiskup metropolita gnieźnieński Henryk Muszyński, przyniesiono do kościoła i umieszczono w bocznym ołtarzu relikwie św. Wojciecha BM. W 1999 r. wybudowano przy głównym wejściu do kościoła kruchtę.

W pomieszczeniach przykościelnych miały siedzibę duszpasterstwo akademickie, a od 24 grudnia 1992 r. również Katolicka Rozgłośnia „FIAT”. Z parafii zostały wydzielone: parafia św. Jadwigi, św. Maksymiliana, św. Jana Kantego, św. Pierwszych Męczenników Polski, Najświętszej Maryi Panny Częstochowskiej i w części parafia Nawiedzenia Najświętszej Maryi Panny.

Od roku 1991 w pomieszczeniach przykościelnych działało duszpasterstwo akademickie prowadzone przez ks. Andrzeja Przybylskiego do roku 2006., w tymże roku duszpasterstwo przeniosło się do nowego budynku przy ul. Kilińskiego, gdzie powstała personalna parafia Św. Ireneusza. W pozostałych salkach przy dolnym kościele działało Katolickie Radio Fiat od 1991, które w 2004 roku przeniosło się do nowych pomieszczeń Domu Diecezjalnego przy ulicy Ogrodowej 24/44. W salkach po opuszczeniu radia od roku 2005 prowadzona jest Świetlica „CARITAS” dla dzieci, swoje spotkanie mają Akcja Katolicka, Fatimski Apostolat Młodych, Katolickie Stowarzyszenie Młodzieży, Schola dziecięca, Dzieci Maryi a także działa Biblioteka Parafialna. W dużej auli odbywają się spotkania z różnymi zapraszanymi osobistościami oraz są wyświetlane różne filmy o tematyce religijnej i społecznej.

Od 7 lipca 2002 roku Proboszczem parafii Św. Wojciecha jest Ks. Prałat Stanisław Iłczyk. W krótkim czasie po wejściu w parafię rozpoczął malowanie i odnawianie kościoła. W roku poświęconemu Eucharystii odnowione zostało prezbiterium i tabernakulum. Dodatkowym elementem wystroju prezbiterium stały się anioły adorujące Najświętszy Sakrament. Została pomalowana także Kaplica Wieczystej Adoracji, która mieści się przy bocznym wejściu do kościoła.  W 2007 zostało założone nowe ogrzewanie w kościele. W 2008 r. odnowiono i malowano wszystkie ławki. W 2009 r. został pomalowany fronton kościoła i wymieniono znajdujące się na nim szyby oraz uszczelnienia okienne. Ponadto została położona kostka od strony południowej kościoła - na placu przed głównym wejściem oraz na estakadzie prowadzącej do świątyni. W kwietniu 2010 r. rozpoczęto dalsze remonty elewacji zewnętrznej kościoła - od strony ul. Inwalidów Wojennych oraz układanie kostki.